In de zomer van 1988 op basis van fetwa van Khomeini is een van zijn grootste misdaden, namelijk de massamoord van 30.000 politieke gevangenen plaats gevonden.Bijna 50% van hen zijn vermoord onder marteling, kwellingen en door publieke ophanging.
De meeste van die geëxecuteerden zaten gevangenisstraf uit wegens hun politieke activiteiten, of ze hadden die al uitgezeten, maar zaten nog steeds in de gevangenis. Sommigen van hen waren al eerder vrijgelaten, maar werden tijdens de massamoord opnieuw gearresteerd en geëxecuteerd. De echte plannen van de massa-executies waren, volgens een rapport, al een jaar op voorrand in aanmaak. De politieke gevangenen werden toen weer ondervraagd, en vanaf 19 juli 1988 werden ze ook gescheiden van de buitenwereld. Het bloedbad op de politieke gevangenen begon eind juli en ging een paar maanden onverminderd door. Bijna alle toenmalige leiders van Iran hebben een rol gespeeld in de massamoord.
Hiermee wouden de mullahs, en m.b. Khomeini, een einde brengen aan alle tegenspraken in hun regime.
In een verklaring over de arrestatie van een aantal familieleden van de slachtoffers van het bloedbad van 1988, die Amnesty International op 2 november 2007 uitgaf, stond: “De executies waren op het hoogste niveau van het Iraanse leiderschap geautoriseerd…
Amnesty International vindt dat deze executies een misdaad tegen de menselijkheid zijn. Volgens het internationaal recht, geldig in 1988, bestaan misdaden tegen de menselijkheid uit wijdverbreide of systematische aanvallen op burgers op discriminerende, inclusief politieke, gronden. Amnesty International is van mening dat er geen straffeloosheid dient te zijn voor schendingen van de mensenrechten, ongeacht waar of wanneer ze plaatsvonden. De executies van 1988 dienen onafhankelijk en onpartijdig onderzocht te worden, en alle verantwoordelijken moeten worden berecht en passende sancties opgelegd krijgen.
